Как и другие кисломолочные продукты, ацидофилин усваивается организмом человека гораздо лучше, чем обычное молоко за счет ферментации лактозы. Поэтому этот продукт используют в лечебном и диетическом питании, в том числе детей.
Ацидофильная палочка, входящая в состав закваски для ацидофилина, обладает высокой антагонистической активностью по отношению к широкому спектру патогенных и условно-патогенных бактерий, включая стафилококки (в том числе Золотистый стафилококк). Попав в кишечник человека, ацидофильная палочка выделяет антибиотики.