ПЦР (ДНК или РНК)

[request]

День добрый, почтеннейшие!


Через несколько дней жена будет в Москве и есть планы посетить НИИ Вирусологии и Эпидемиологии (как мне тут обозначили - это две самые продвинутые лаборатории), пообщаться там со специалистами и посдавать анализы. Может быть там удасться докопаться до истинной причины этого чёртового затяжного раскобаса. Поскольку последние ИФА у нас с женой в настоящее время отрицательные (у жены срок около 6 мес, у меня почти 9 мес), то скорее всего и в Москве он тоже будет отр. Правда у нас системы 3-го поколения АТ, а в столице 4-го АГ-АТ, да ещё и блот сразу делают одновременно (как мне сказали в НИИ Вирусологии). Естественно, пользуясь случаем, хотим сдать и ПЦР. Поскольку если есть симптомы (а их в изобилии) и если они связаны с ВИЧ (чего не хотелось бы...), то ПЦР должен будет показать это (как я думаю). Но тут такая делемма. В Москве делают два типа анализов ПЦР, один тип стоит ~300-400 руб и делается за пару дней, а другой ~1500-2000 и делается 10 раб дней. Кто знает, чем они реально отличаются, какова их достоверность на сроке 6 мес (при отр ИФА) и какой из них в нашей ситуации делать логичнее (или оба типа сразу)? Также кто знает, чем отличается достоверность ПЦР на ДНК от РНК и что лучше делать на сроке 6 мес? До этого мы делали лишь один ПЦР во Владивостоке. Стоил он там 200 руб и делался два дня. В заключении нам написали "ДНК ВИЧ-1 и ВИЧ-2 не обнаружен". Тогда у меня был срок 5 мес, у жены ~3 мес. Состояние тогда было гораздо паршивее, чем сейчас, но тогда у нас ещё не проявлялись ЛУ. Они появились только через две недели после сдачи того анализа. Когда-то давно в начале года на форуме я интересовался достоверностью этого ПЦРа и мне ответили, что нет никой разницы между дешёвыми и дорогими ПЦР-ами, а 10 дней делают потому что за это время собирают анализы у кучи людей, а потом всё это разом прогоняют через тест-систему, чтобы экономить что-то там. Из других источников я слышал, что "дорогие" ПЦРы все эти 10 дней непрерывно тестируют, что-то там интерполируют, моделируют и т.д. Что даже мёртвый вирус они там распознают или сходный с ВИЧ (типа HTLV) и вообще всё что-либо даже отдалённо напоминающее ВИЧ обязательно должно выявиться.. Т.е. все эти 10 дней идёт обработка анализа. Я нигде не смог узнать, бывали ли в практике случаи, когда результат один типа ПЦРа противоречил другому. Сейчас на форуме появилось много новых людей, эрудитов, профессионалов и экспертов. Может кто прояснит этот вопрос? Буду, как всегда , признателен всем кто отзовётся.

[Kate]

Newman,


ни к первым, ни ко вторым, ни тем более к третьим я себя отнести не могу, но попробую ответить. Одного дня для постановки ПЦР достаточно. Разница в цене на ПЦР на ДНК ВИЧ, т.е. качественного ПЦР обусловлена себестоимостью тест-системы и лабораторией. Соответственно чем более дорогие реактивы использует лаборатория, тем дороже стоит анализ. Стоимость реактивов не всегда связана с качеством тест-системы. Тут есть люди, которые хорошо знают разницу между реактивами, на которых ставится ПЦР на Соколинке (самый дешевый), в НИИ Иммунологии (или Вирусологии? сам уже запамятовал...) и в НИИ Эпидемиологии. Промежуточный вариант по моему самый лучший (по крайней мере мне так показалось), хотя все варианты вполне нормальные и ПЦР в любой из этих лабораторий можно верить. Разница во времени действительно обусловлена загруженностью и организацией работы конкретной лаборатории. Это не должно волновать особо. Из цельной крови получают сыворотку и хранят ее в холодильнике, так что все в порядке. Кроме того для ПЦР абсолютно не имеет значения живой он определяет вирус или уже мертвый, главное, чтобы ДНК (РНК) вируса был.


ПЦР на РНК ВИЧ - вирусная нагрузка или количественный ПЦР, который определяет численное количество РНК ВИЧ в сыворотке или цельной крови на мл. Стоит значительно дороже качественного ПЦР (ПЦР на ДНК ВИЧ в клетках крови (лимфоцитах), определяющий либо есть, либо нет ДНК ВИЧ). При этом чувствительность количественного ПЦР обычно ниже чувствительности качественного ПЦР. 400 копий на мл. против 50 копий на мл. Поэтому получается, что достоверность качественного ПЦР даже выше, хотя считается примерно одинаковой.


И последнее. ПЦР способен определять ДНК (РНК) даже мертвого вируса, но ПЦР на ДНК ВИЧ никогда не примет за ДНК ВИЧ что-либо другое, например ДНК HTLV, потому как анализ реагирует на наиболее стабильную последовательность генома именно ВИЧ, а не чего-то другого. Для HTLV существуют свои тест-системы. В составе этих вирусов есть протеины с одинаковыми массами (лишь частично пересекаются!), что может давать пару полосок в вичевом блоте при наличии HTLV и отсутствии ВИЧ при серодиагностике, но все равно не даст никогда полностью положительный блот. ПЦР от этого недостатка свободен, но ему присущи свои ограничения с которыми стоит считаться. Например ограниченная чувствительность (часто с головой достаточная) и вероятность ложного результата. Как правило ПЦР считается достоверным более, чем на 90%. В твоем сроке ПЦР уже не столь актуален, т.к. его в основном используют для ранней диагностики ВИЧ-инфекции в период серонегативного окна или для диагностики ВИЧ-инфекции у детей, рожденных от ВИЧ+ матерей, когда серодиагностика неэффективна. Но уж если еще раз хочется убедиться в уже имеющихся результатах анализов, то можно сделать. Почему бы нет? А еще лучше пусть сделает ИФА на Abbott AxSYM - одной из самых лучших в мире тест-систем или на Bio-Rad GenScreen Plus Ag-Ab (ВИЧ-1, ВИЧ-2, ВИЧ-1 штамм-О) - тоже одной из лучших.


Удачи.

[Yuran091]

OCD'er


Премного благодарен за детальный ответ, не ожидал даже... Хотел для себя ещё кое-что уточнить. Т.е. получается, что РНК - это количественный анализ (нагрузка), а ДНК - это качественный. Тогда, по логике вещей, вначале делается ДНК и при его наличии потом ставится РНК. Если же ДНК ничего не находит, то в РНК необходимость автоматически отпадает. Я где-то читал, что для ДНК и РНК могут использоваться реактивы одного типа - только во втором случае больший объём работы - поэтому такая разница в цене. Интересно, как различаются тесты ПЦР по названиям и все ли они заточены на все известные штаммы вируса или есть такие мутированные-перемутированные подтипы, которые они "не видят"? Понимаю, что на таких как у нас сроках сдавать ПЦР не актуально, но если прут симптомы и если они от этой гадости (не дай Бог), должен же вирус быть виден в крови в достаточном для его определения кол-ве. Тем более у меня даже нет фантазии, как при таком расколбасе может быть неопределяемой вирусная нагрузка ... По поводу ИФА я сдавал на системах GenScreen, Вероностика и Авиценна. Только это по-моему названия реактивов, а на каких системах мне ставили - я (и скорее всего местные врачи)не в курсе. Как я понял тест-система - это установка на которой проводят тест с помощью сыворотки и реактивов? А где в Москве стоят эти системы (Abbott и Bio-Rad GenScreen)? Если ли они в НИИ Вирусологии и Эпидемиологии?

[Ирочка.]

Логика у тебя правильная. Количественный ПЦР нет смысла ставить, если качественный показывает отсутствие ДНК вируса. Это действительно так, что достоверность ПЦР колеблется взависимости от штамма вируса. Обычно праймеры для тест-системы стараются подобрать таким образом, чтобы выделить наиболее стабильный участок генома вируса, наименее подверженный мутациям и мало отличающийся у различных штаммов. Тем не менее штамм влияет на достоверность анализа.


При риске заражения каким-либо экзотическим штаммом американцы советуют делать ПЦР Amplicor V1.5 производства фирмы Roche. Правда это тест на РНК ВИЧ, соответственно количественный ПЦР. Считается, что он обладает высокой чувствительностью ко всем штаммам ВИЧ. Как в России я не знаю. Если ты говоришь, что сдавал ПЦР на ДНК ВИЧ-1, ВИЧ-2, то такой тест тоже должен быть чувствительным ко всем штамма ВИЧ, учитывая, что ВИЧ-2 довольно далеко отстоит от ВИЧ-1 генетически. Поэтому думаю, что ему следует верить. Кроме того тест-система ПЦР Амплисенс, разработанная НИИ Эпидемиологии должна быть заточена в первую очередь под "российские" штаммы, которые на самом деле яввляются африканскими. Вообщем можно верить такому ПЦР на мой взгляд. При твоем "расколбасе", если бы он был обусловлен наличием ВИЧ, вирус конечно же был бы в крови в определяемом ПЦР количестве и нагрузка была бы явно более 50 копий на мл.


Тест-система - это не только установка, но и сами реактивы, входящие в комплект. В НИИ Эпидемиологии интересующие тебя тест-системы точно есть, да и в остальных местах тоже.

[ax_f]

В нии эпидемиологии что на Шоссе интузиастов, ИФА - MUREX HIV ag/ab combo ... но вот я тут прочитал что это не самая лучшая система (набор? ) т.к. она из 149 образцов нашла только в 137 Ну я правда все равно не парюсь ибо 7 месяцев уже!





Нюьмен ты меня немного обнадежил насчет печени, спасибо!

[petrik]

OCD'er


А ты работаешь не в медицинской среде, по крайней мере складывается такое впечатление.


Благодарю за ответы! Меня ещё интересует твоё компетентное мнение по некоторым вопросам.


Выходит, что достоверность ПЦРа во многом зависит от того, кто и как его ставит, но если нет нужного "шаблона" или "праймера", то анализ абсолютно неинформативен. На этом форуме есть человек, который за год с лишним делал около 15 разных ПЦРов в разных местах и тем не менее (при отр ИФА) его до сих пор беспокоят некоторые симптомы и ЛУ. Они то есть - то нет. Я не спец в анатомии, но может ли вирус прятаться в лимфоидной ткани и быть недосягаем для тест-систем, кровь для которых берётся из венозной крови и при этом ещё и вызывать разные симптомы? С анализами ИФА всё более-менее понятно, за исключением антигена P-24. По одним данным он определяется через 2-3 недели после инфицирования. По другим за неделю-две-три до появления АТ в ИФА. А если серонегативное окно растянуто на год и более - тогда когда его можно выхватить? Ещё не всё понятно с иммуноблотами. Они тоже как то различаются между собой, т.е. классифицируются по реактивам, системам или это более-менее стандартный тест для всех лабораторий? Есть ли принципиальная разница, в какой лабе сдавать этот анализ? Под какие белки они обычно заточены и сколько их должно выпасть для подтверждения ИФА? А если вирус слегка замутировал, могут ли эти белки изменяться и быть нераспознаваемыми в блоте?


Опять же неясно, может ли мутация вируса влиять на длительность сероконверсии, как и приём в этот период иммуномодуляторов таких как Циклоферон или Иммунофан? Говорят, что длительный период выработки антител бывает очень редко (~1%) и встречается только у тяжело больных людей или у матёрых хулиганов-наркоманов. Что интересно, мы с женой и не болели особо до этого и наркотиков не нюхали даже, а тут такая колбасня и минус в такие сроки... Конечно, хотелось бы надеяться, что у нас что-то другое иначе всю это теорию СПИД-центров об 1% надо похерить на корню. Хоть и говорят, что этот вирус хорошо изучен (якобы даже лучше, чем грипп), всё таки даётся мне, что наши врачи далеко не всё о нём знают и вопросов возникает больше, чем есть ответов.

[Марина О]

привет Newman


у меня ? не по теме. ты сказал... А если серонегативное окно растянуто на год и более - тогда когда его можно выхватить? так бывает?


у меня такая-же как у тебя беда.колбасня!!!. но "-" в 6 и "-" в 16


месяцев после второго "-" женился .но теперь и ее


колбасить начало...


если прояснишь что дай знать. я в Канаде и здешние доктора после двух минусов в 6 и 16 на меня как на идиота смотрят когда я прошу еще тест сделать.


анализ крови на 3 страницах и все в норме. а колбасило долго и всерьез...


и мне кажется мы не одни с такой ф...ней


мой е-mail vsorokko@yahoo.ca


All the best to you

[Оксаноид]

mont>


Во всех СПИД-центрах говорят как под копирку,что 3-мес наиболее достоверный срок, 6-мес - это контрольный срок при реальном риске, а год - это крайне редкие единичные случаи в случае приёма тяжёлых наркотиков и болезней иммуной системы. Однако в СПб центре врач-инфекционист заявил, что у них бывают случаи окна до 2-х лет с острой фазой до 8 мес., а врач кандитат наук в Самарском центре заявил, ссылаясь на статью какого-то профессора что и до 4-5 лет. Хотя в её практике реально в Самаре был макс срок - 11 мес. у беременной женщины. Не могу эту информацию ни подтвердить ни опровергнуть...

[svetlana]

Newman


спасибо за инфо.


теперь у меня есть High Perfomance топливо для "гонок"

[Елена АВ]

mont>


Я тебе зарядил письмо на твой ящик. Сообши как прошло.

[Petj]

mont,


теперь тебе осталось болид у Гонщика одолжить (ему он уже без надобности) до полного комплекта и тебя не догонят .





Newman,


ох уж ты гаразд вопросы задавать , сейчас у меня столько времени нет, чтобы на все ответить. Как появится - отвечу.

[Estranged]

ОСD*er.


да ето точьно меня теперь не догнать...

[joker]

mont


Newman


Минус в шесть месяцев это на 99% гарантия того, что проблема Вашего "расколбаса" не ВИЧ, искать надо другую причину. Сведения по поводу достоверности анализа в 6-ть месяцев получены от врачей (к.м.н и проф.) в НИИ Эпидемиологии (Фед. центр по борьбе с ВИЧ/СПИД) и НИИ Вирусологии.


Причин может быть полно.

[лара]

Lisss


спасибо , ты абсолютно прав, но кто ети 1%?


у меня "-" в 16 мес но 100% все еще нет?

[Seduction]

mont


Эти 1%, могу объяснить кто.


Нарки, вхлам убившие свой организм, люди страдающие онкологией как минимум в 3-й стадии, люди пережившие пересадки органов. На самом деле если уж так важны точные цифры, то после 6-ти месяцев анализ абсолютно точен согласно сведениям сайта www.aegis.com, 99,748% тебя такая достоверность устраивает???